غالبًا ما يتطلب دمج الوقود الحيوي في محركات موجودة إجراء تعديلات لضمان تشغيل سلس وكفاءة. يمكن أن تختلف أنواع الوقود الحيوي، خاصة تلك المستخلصة من المواد النباتية، في خصائصها الفيزيائية والكيميائية، الأمر الذي قد يؤثر على أداء المحرك. يجب مراجعة تعليمات الشركة المصنعة للمحرك ومعرفة نوع الوقود الحيوي المناسب لتجنب أي مشاكل محتملة.